All’interno, oltre a numerose opere d'arte, si trovano le spoglie mortali del grande scrittore trecentesco Giovanni Boccaccio e della Beata Giulia Della Rena, sua contemporanea e patrona di Certaldo. In seguito ai radicali restauri promossi dalla Soprintendenza di Firenze nel corso degli anni sessanta, l'interno oggi si presenta assai spoglio, con la cortina di mattoni a vista. Durante i restauri si provvide alla demolizione della cappella dedicata alla Beata realizzata nella metà del XIX secolo situata sul lato sinistro (che ingombrava il chiostro attiguo), con il relativo tamponamento della parete; furono rimosse tutte le decorazioni neo medioevali, compreso il dipinto rappresentate il Cristo realizzato nel catino absidale forse dalla bottega di Galileo Chini, dei primi anni del Novecento; infine gran parte degli arredi subirono un riposizionamento. Il soffitto è sorretto da enormi capriate di legno. Sotto un altare, entro una nicchia, in un'urna realizzata nel 1689, riposano le spoglie mortali della Beata Giulia: sulla mensa di questo altare è stata collocata nel 2001, in occasione dell'apertura del Museo di arte sacra, una predella del secolo XV nella quale sono raccontati i miracoli della Beata. Indubbiamente l'"inquilino" più conosciuto è Giovanni Boccaccio, il cui sepolcro è segnalato da una grande lastra marmorea pavimentale, al centro della navata, realizzata nel 1949 dallo scultore Mario Moschi, replicante con alcune varianti il famoso affresco di Andrea del Castagno facente parte della celeberrima serie di uomini illustri, oggi agli Uffizi. Il primo bozzetto di questa lastra tombale si trova esposto al piano terreno della Casa Boccaccio. In realtà le spoglie del Boccaccio non sono sotto la lastra citata, ma probabilmente sotto una piccola mattonella bianca nelle immediate vicinanze. Per commemorare il famoso autore del Decameron, sulla parete destra puoi vedere un busto del poeta, risalente al 1503. Fu realizzato da uno dei massimi scultori fiorentini, Giovan Francesco Rustici.