Nella galleria degli anfibi e rettili sono esposti, secondo un criterio sistematico, gli esemplari ottocenteschi facenti parte della collezione del Museo. Si possono osservare animali naturalizzati, preparati osteologici e animali conservati in alcool.
Tra gli anfibi, che comprendono gli anuri (rane), gli urodeli (salamandre e tritoni) e gli apodi (un gruppo caratterizzato dall’assenza delle zampe), l’esemplare più significativo è certamente una salamandra gigante del Giappone conservata in alcool. Si tratta della seconda specie di salamandra più grande del mondo, più piccola soltanto dalla salamandra gigante della Cina.
Tra i rettili, divisi nei gruppi dei cheloni (tartarughe e testuggini), loricati (coccodrilli), squamati (lucertole e serpenti) e rincocefali (tuatara), è possibile osservare alcune specie africane molto particolari come la testuggine africana e l’uromastice, oltre ad alcuni rettili tipici della fauna italiana.