Il nucleo originale dell'Arca di San Domenico risale al 1267 ed era un’opera di Nicola Pisano, che aveva decorato il sarcofago in marmo che conservava i resti del santo con sei pannelli che raffiguravano gli episodi principali della sua vita. Il sarcofago era stato sistemato in posizione sopraelevata in modo che fosse visibile al gran numero di pellegrini che venivano a rendergli omaggio. In seguito l’Arca è stata ulteriormente abbellita da grandi artisti: nella seconda metà del 1400 Niccolò di Bari ha aggiunto la decorazione della cornice e l’angelo che regge la torcia, sul lato sinistro; alla fine del 1400 Michelangelo ha realizzato le statue di San Procolo e San Petronio e l’angelo che regge la torcia sulla destra; nel 1532 Alfonso Lombardi ha scolpito il pannello dell’altare e quello centrale sotto il sarcofago, rappresentando l’Adorazione dei Magi; più recente, della seconda metà del 1600, è il bassorilievo che mostra la morte di San Domenico, realizzato da Jean-Baptiste Boudard. Sulla cima del sarcofago c’è una statua di Dio che tiene vicino al cuore il mondo, mentre subito al di sotto si vedono i simboli della creazione: i delfini rappresentano il mare, i putti il cielo e i festoni la terra. Molto interessante anche l’antico reliquiario del trecento, opera di Jacopo Roseto, che si trova dietro l’arca, nel quale si trova la testa di San Domenico, portata in processione in occasione della festa del Santo.