La chiesa di Santo Stefano o delle Sette Chiese sorge la dove un tempo si trovava un antico tempio pagano e fu ideata come copia fedele del Santo Sepolcro di Gerusalemme. Nel corso dei secoli tutta una serie di trasformazioni hanno portato ad avere non una ma ben sette chiese, di cui al giorno d'oggi ne rimangono quattro. Di queste solo una ha avuto il nome di Santo Stefano ma solo tra il quinto e l'ottavo secolo, poi è stata dedicata al Santo Sepolcro, e del primo martire non è rimasta nemmeno una cappella. Nonostante ciò il complesso ha mantenuto il nome di Basilica di Santo Stefano alle sette chiese.
Il tutto inizia con la trasformazione in battistero cristiano di un antico tempio di Iside costruito intorno all'anno 100 ;  il colonnato circolare a cielo aperto che circonda il battistero viene chiuso con un muro e sormontato con una cupola. Le colonne esistono ancora oggi all'interno del battistero: le colonne originali del sacrario di Iside sono le sette in marmo cipollino nero , mentre quelle in mattoni sono postume.
Negli anni 431 - 450 accanto al battistero viene costruita la chiesa di San Vitale, la seconda delle 7 chiese. Successivamente poco distante viene aggiunto il Martyrium (anche detta Chiesa della Trinità). Nel 737 arrivano i Longobardi che costruiscono una nuova chiesa a destra del battistero e la dedicano a San Giovanni Battista. Tra gli anni 1000 e 1100 i monaci Benedettini costruiscono il campanile, il chiostro, un grande monastero e la nuova chiesa chiamata del Cenacolo a sinistra del campanile. Nello stesso periodo anche il battistero originario viene trasformato in chiesa, quella del Santo Sepolcro, a pianta ottagonale e tamburo della cupola a dodici lati. Verso la fine del 1300 si scoprì un sepolcro romano che si credette di San Pietro e per questo motivo gli fu dedicata la chiesa di San Vitale . Il Papa successivamente fece radere al suolo la chiesa e solo anni dopo un altro Papa riammise al culto la chiesa ormai in rovina e dedicata ai santi Vitale e Agricola , martiri bolognesi della persecuzione di Domiziano del 304 .
Tra il 1400 e il 1800 il complesso raggiunse il suo massimo sviluppo che fortunatamente è arrivato quasi intatto a noi , in particolare con la ricostruzione del Santo Sepolcro di Gerusalemme, fedele all’originale grazie alle testimonianze dei cavalieri crociati .