All’interno del cortile dell’Archiginnasio, sul lato opposto all’ingresso, si trova la Cappella di Santa Maria dei Bulgari; il suo nome deriva da una chiesa che si trovava “in curia Bulgari”, ovvero presso la casa di Bulgaro, un noto giurista medievale del XII secolo. All’interno della Cappella si possono ancora vedere i resti di un ciclo di affreschi che raffiguravano le Storie della vita della Vergine, realizzati da Bartolomeo Cesi tra il 1591 e il 1594. Sfortunatamente gli affreschi sono andati quasi completamente persi il 29 gennaio 1944, quando un’incursione aerea ha distrutto il lato est del palazzo. Dopo la guerra, la Cappella è stata ricostruita, e sono stati ricreati anche i profili in stucco che facevano da contorno ai vari affreschi, ma purtroppo parte delle opere di Cesi sono state irrimediabilmente danneggiate. Sull’altare maggiore della Cappella si può ammirare una pregevole Annunciazione del 1582, opera del pittore fiammingo Denijs Calvaert, che in seguito creerà una scuola che darà i natali ad artisti come Francesco Albani e Guido Reni.