La Cappella di Sant’Abbondio è famosa soprattutto perché intorno ad essa aleggiano due leggende: si dice che il 4 ottobre 1392, quando la basilica non era ancora stata completata, qui sia stata celebrata la prima Santa Messa, e anche che proprio in questa cappella Carlo V venne incoronato imperatore, nel 1530, ma come dicevamo, sono solo leggende. Al suo interno si possono ammirare due grandi affreschi: “Trionfo della Chiesa sulla Sinagoga” e “Allegoria della redenzione”, realizzati nel 1420 da Giovanni da Modena, lo stesso autore che ha realizzato alcune delle opere della Cappella Bolognini.