È uno degli edifici più importanti di Bologna, e si trova in pieno centro storico. È stato costruito nel XVI secolo, all’incirca nello stesso periodo in cui è stata fatta la sistemazione di Piazza Maggiore ed è stata realizzata anche la Fontana del Nettuno. Oggi l’Archiginnasio è la sede della Biblioteca Comunale dell’Archiginnasio (vedi), ma in origine nasce come Università; il progetto è stato commissionato da Papa Pio IV, ed è stato assegnato ad Antonio Morandi, architetto bolognese del Cinquecento, soprannominato “il Terribilia”, che ha completato l’opera nel 1563 .
Lo scopo dell’Archiginnasio era quello di riunire in un unico edificio tutte le diverse discipline universitarie, che fino a quel momento erano state disperse per la città. Il palazzo è costituito da un porticato anteriore, che si unisce a quello di Palazzo dei Banchi, e da un grande cortile interno con un doppio ordine di logge. All'interno del cortile si trova l’ingresso alla Cappella di Santa Maria dei Bulgari, che deve il suo nome ad un noto giurista medievale del XII secolo, Bulgaro.
Una delle sale più interessanti da visitare all'interno dell’Archiginnasio è sicuramente il teatro anatomico del 1637: si tratta di una sala a forma di anfiteatro che serviva allo studio dell’anatomia umana. È completamente realizzata in legno d’abete con un bellissimo soffitto a cassettoni, mentre le pareti sono decorate con numerose statue, alcune di esse molto particolari: il baldacchino al di sopra della cattedra del professore è sorretto da due uomini nudi e privi di pelle, detti “spellati”, realizzati da Ercole Lelli nel Settecento; di fronte alla cattedra si trova la statua di un uomo che tiene in mano un naso, si tratta di Gaspare Tagliacozzi, che viene considerato il precursore della rinoplastica. Ai due lati della porta si trovano Galeno e Ippocrate, rispettivamente il medico romano e il medico greco più importanti. Il teatro anatomico è stato restaurato dopo la Seconda Guerra Mondiale, perché i bombardamenti sulla città l’avevano gravemente danneggiato. Al secondo piano dell’Archiginnasio si trovano le aule che servivano ai Legisti, che studiavano diritto canonico e civile, e agli Artisti, che si occupavano di medicina, materie umanistiche e scienze; i due indirizzi di studio avevano ognuno una propria aula magna, ovvero la Sala dello Stabat Mater per i Legisti, chiamata così perché qui è stata eseguita per la prima volta l’opera omonima di Rossini, e la Sala di Lettura di quella che oggi è la Biblioteca Comunale dell’Archiginnasio.