Nel Transetto sinistro si trova il sepolcro di Giacomo da Ulma, beato domenicano che ha realizzato alcune bellissime vetrate gotiche all’interno della Basilica di San Petronio. Sulla destra, dietro l’altare in marmo, si trova un pregevole Crocifisso di Giunta Pisano, risalente al 1250 circa. Nel transetto si trova anche il cenotafio di Re Enzo di Sardegna.