La ricca decorazione dei tre ordini presenti all'esterno del Battistero, viene ripresa anche al suo interno, dove è presente una struttura costituita da colonne alternate a pilastri.
Sopra la loggia costituita dall'alternarsi di colonne e pilastri, dove è presente un soffitto con volte a crociera, si elevano i matronei.
Questi ultimi si aprono verso l’interno e sono composti da grandi arcate che poggiano su pilastri.
Al centro dell’edificio si trova la fonte battesimale, opera realizzata nel 1246 da Claudio Bigarelli da Como.
Dietro a questa opera si trova l’altare.
Alla sua sinistra si innalza una delle più importanti opere scultoree medievali: il Pulpito realizzato dallo scultore Nicola Pisano fra il 1259 e il 1260.
Il Pergamo viene considerato un esempio del passaggio dallo stile romanico allo stile gotico.