Il Cristo Pantokrator assiso sul trono celeste è rappresentato frontalmente mentre con la mano destra benedice, e con la sinistra regge un Libro aperto.
All'interno di quest'ultimo vi è l'iscrizione EGO SUM LUX MU(N)DI (Io sono la luce del mondo).
Egli indossa una tunica rossa e una coperta azzurra.
Sul trono, ricoperto da stoffe decorate con motivi geometrici, sono appoggiati due leoni e due draghi.
Schiacciati sotto i piedi del Cristo sono raffigurati invece il basilisco e l'aspide.
Questa parte del mosaico si deve a Francesco da Pisa, che iniziò il lavoro nell'Aprile del 1301, ma che venne completato da Cimabue.
Quest’ultimo fu l'artefice della figura di San Giovanni Evangelista, che è caratterizzato da tratti più dolci rispetto a quelli severi del Cristo.
Lo si può riconoscere dal suo aspetto giovane e dal libro che tiene tra le mani.
A seguito della morte del maestro, e dopo una lunga pausa, il cantiere riaprì nel 1320 quando Vinicio da Pistoia portò a termine la figura della Vergine.
La donna è rappresentata nella posa dell'intercessione presso il Figlio e coperta da un velo azzurro.